Jochen Scholz war bis 2000 Berufsoffizier in der Luftwaffe. In dieser Zeit war er unter anderem 12 Jahre in NATO-Gremien, 6 Jahre in multinationalen NATO-Stäben sowie 6 Jahre im Bundesministerium der Verteidigung (BMVg) tätig. Von 1999 bis 2011 war er Mitglied der „Kommission Europäische Sicherheit und Zukunft der Bundeswehr“ des Instituts für Friedensforschung und Sicherheitspolitik (IFSH) an der Universität Hamburg. Wegen des Jugoslawienkrieges trat er aus der SPD aus.